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文献解读

南京集思慧远客户发表《枇杷SWEET家族成员的鉴定和对外界诱导的响应》

发布日期:2019-03-17 浏览次数:77


枇杷


  分类地位:蔷薇科,苹果亚科,枇杷属

  枇杷原产中国东南部,因叶子形状似琵琶乐器而名。


 摘要

  植物SWEET家族是一个糖转运家族,在植物发育中扮演重要角色。本研究中,通过RNA-seq鉴定了7个枇杷的SWEET家族成员。分别命名为EjSWEET1,EjSWEET2a, EjSWEET2b, EjSWEET2c,  EjSWEET4,  EjSWEET15,  and  EjSWEET17。系统进化树和功能注释预测分析显示:枇杷SWEET家族有蔗糖、葡萄糖和果糖转运功能。通过对7月龄的枇杷幼苗施加高浓度的糖或盐,研究枇杷SWEET家族对外源糖或NaCl的响应。结果显示:大多数枇杷SWEET家族基因能够响应外源施加的蔗糖、葡萄糖、果糖和盐。


  材料与方法

  1、植物材料

  本研究采用“Zaozhong6”栽培种作为研究材料,将种子播种在土壤,待其长到10~~15cm时,选取90棵相同大小的植株随机分成15组,每组6棵,分别施加500mL的1M 蔗糖,葡萄糖和果糖,以及0.4M的盐溶液,对植株进行处理,施加等体积的水作为对照。在处理后的0, 4和8小时,收集嫩叶。


  2、RNA的提取和测序

  提取RNA,构建文库,用Illumina  HiSeq2000进行高通量测序。


  3、测序数据的分析

  转录组数据组装、拼接,获得Unigene ,然后对其进行GO,COG,KOG,KEGG注释。,找到了差异表达基因SWEET基因家族,对其进一步分析,运用在线数据库预测其可能的蛋白功能。


  4、SWEET家族系统发育进化树分析

  从数据库中下载已鉴定的植物SWEET序列,然后对其进行多重比对,系统发育进化树用MEGA6.0分析和作图。


  5、qRT-PCR表达分析

  用荧光定量方法对枇杷的SWEET家族成员在各种外源胁迫下的表达模式进行分析。


  结果

  1、SWEET家族基因的鉴定



  2、SWEET基因家族蛋白结构域预测


  利用在线数据库预测SWEET基因的蛋白结构


  3、SWEET家族系统发育进化树分析


  用MEGA 6.0构建系统进化树


  4、SWEET的组织特异性表达分析


  5、SWEEET家族基因对外源糖胁迫的响应


  6、SWEEET对盐胁迫的响应


  文章点评

  本研究对枇杷处理后,利用转录组测序数据寻找与外源胁迫相关的差异表达基因,然后用荧光定量实验进行验证,获得实验预期结果,属于常规思路。如果能够通过过表达或敲除相关基因来检测糖含量与正常植株的差异,进一步证明相关基因的功能,将更有研究意义。


  参考文献

  Characterization of SWEET family members from loquat and their responses to exogenous induction[J].2017.  Tree Genetics & Genomes ,IF=1.624