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微生物重测序

发布日期:2019-03-06 浏览次数:1227

  • 产品简介
  • 内容分析
  • 案例分析
  • 常见问题

  微生物基因组的重测序,是基于小片段文库的高通量测序数据,与近缘参考基因组进行比对,进行变异检测的方法。检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息,以快捷为特点,系统多方面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。

  应用领域

  环境微生物研究;

  海洋微生物研究;

  土壤微生物研究;

  工业微生物研究;

  生物体微生物研究。

  产品优势

  采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台;

  丰富的项目经验:土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。

  技术路线

  变异检测:准确定位变异位点;

  基本进化分析:构建系统进化树,确定菌株间进化关系;

  地域归属分析:研究菌株的地域传播规律;

  分歧时间估计:讨论菌株支系之间的分化历史;

  选择压力分析:菌株进化过程中的选择压力,揭示与环境相关的关键基因;

  变异基因功能富集:统计变异基因分布规律,寻找变异丰富的功能分类。


  样品要求

  1.样品类型:基因组DNA;

  2.样品需求量:小片段文库≥2 ug,2-3kb文库≥20 ug,5-6kb文库≥20 ug,10kb文库≥30 ug,20和40kb文库≥60 ug;

  3.样品浓度:小片段文库≥30 ng/µl,大片段文库≥50 ng/µl;

  4.样品纯度:OD260/280为1.8-2.0;

  5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。(距送样日最近的电泳结果)


裂解酵母基因型及表型的多样性研究

  物种内部的自然变异揭示了基因组进化及功能。裂解酵母(Schizosaccharomyces prombe)是真核生物研究中的重要模式生物,但是对于这个菌株的进化历史,还没有系统的研究。本文汇集了100年内收集到的161株野生裂解酵母,通过重测序的手段,多角度深入挖掘了酵母的进化相关信息,特别是在地理分布、驯化起源、及表型关联方面获得了突破性的进展。研究推断裂解酵母的传播始于公元前340年,而这些菌株的祖先到达美洲的时间大约在公元1623年。本研究对74个性状进行研究,发现大量可遗传的表型多样性。对全基因组进行关联分析,在总计223个性状中,发现89个性状与具体的变异信息存在显着关联。这些显着的变异可以解释多大22%的表型变异,其中indels的效应要高于SNPs。



变异与表型性状的关联分析