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是谁?一年发文近两万!

发布日期:2021-09-07 浏览次数:127



是谁?一年发文近两万!-是基因家族啊!



       基因家族分析,是最常见的生信分析之一,它不仅是低成本发表SCI文章的一种方法,更是一个系统研究分子生物学的重要思路。理清某一个物种的某个基因家族基因的具体情况(包括基因成员、序列结构和分子功能),有助于进一步挖掘研究该物种的某种生物学特性(生长发育、转录调控、环境适应等),为后续的生物遗传育种研究打下基础。


       在实际的科学研究中,由于研究者主要针对目标性状展开调查,常使得一些与目标性状不相关的有价值数据被忽略。基因家族,可以深度挖掘数据,避免数据浪费,真正实现“用别人的数据,写自己的文章”!它可以研究任意物种,基因组有参无参均可。近年来有关基因家族的文章仍然层出不穷,而对于某一特定物种的基因家族的研究,资源有限、抢先占领、先到先得!


       Gene family-2021年以来,依然能查到一两万篇文章,可见基因家族的开发,依然如火如荼的进行着!



       目前我司已完成与木、园艺植物、水产、昆虫、家禽家畜、中药材、真菌、疫霉等多个物种近百个基因家族鉴定工作。配合分子实验,轻松获取2~5分文章!



       首先先来看一下我们合作老师新鲜出炉的文章!



R2R3-MYB基因家族,在红花草莓花青苷合成中的作用



发文单位:沈阳农业大学

发表期刊:Frontiers in Plant Science

IF: 5.753

文献获取:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.702160/full


       草莓是一种重要的经济型水果,R2R3-MYB基因家族参与多种生物功能,包括花青苷生物合成。该研究首次对八倍体草莓MYB基因家族进行了全基因组分析。研究人员旨在鉴定参与红花草莓花瓣着色的关键MYBs。对草莓R2R3-FaMYBs进行了全基因组分析,研究了其基因结构、系统发生关系、启动子区域、染色体位置和共线性等。在草莓基因组中共鉴定出393个R2R3-FaMYB基因,可分为36个亚组。并进行了不同组织/花色等的转录实验验证该基因的功能。




  

    然后, 我们分别以动植物为例,各放一篇文章,来看看当前情况下,基因家族是何趋势!



案例一 动物篇



影响牛脂肪细胞分化的CDK基因的全基因组鉴定




发文单位:宁夏大学 

期      刊: BMC Genomics

IF:  3.969

文献获取:https://doi.org/10.1186/s12864-021-07653-8


       本研究以牛、人、小鼠的59个已知CDKs蛋白序列为参考,利用模型HMM及BLAST搜索工具,在多个种类的牛的基因组中鉴定出25个CDK家族成员,并根据其系统发育关系预测了保守结构域和基因结构,将其划分为三个亚家族。




       对6个牛科动物及人类、小鼠的共236个氨基酸序列进行比对,构建了发育树,将CDK家族蛋白聚类为8个主要分支。并对六种牛的CDK基因进行了染色体定位及共线性分析。25个CDK分布在16条染色体上,cattle与Bos indicus的分布特征最为相似;共线性分析表明,CDK基因家族在牛和牛科其他物种之间具有同源性。


       从数据库中下载了60种组织的163个样本的转录组数据进行CDK基因表达量的分析,来研究该基因家族在成脂分化过程中的不同表达模式。各基因在不同组织中均有表达,其中CDK9在所有脂肪组织中都高表达,表达模式与细胞分化标志物PPARγ相似。


       然后对脂肪分化前体细胞与分化的脂肪细胞进行了该基因的RNA-seq以研究不同家族成员在细胞分化前后的表达趋势,并利用qPCR检测脂肪细胞分化过程中CDK基因的表达。


       表达分析和功能预测表明CDK基因可能在调节牛脂肪细胞分化中发挥重要而复杂的作用。这些结果为进一步研究CDK基因家族在牛脂肪细胞分化调控中的作用提供了重要参考。





案例二 植物篇



杨树NF-Y转录因子家族的全基因组鉴定与表达分析




发文单位:安徽农业大学

期      刊: Physiologia Plantarum

IF:  4.500

DOI: 10.1111/ppl.13084



       转录因子核因子Y (Nuclear factor Y, NF-Y)基因家族在各种植物的胚胎发育、光合作用、开花时间调控和胁迫反应中发挥重要作用。本文对杨树基因组中的NF-Y基因家族进行了鉴定,并对其结构特征进行了描述。通过系统发育分析,在白杨基因组中鉴定了52个NF-Y基因,并将其分为3个亚家族(NF-YA/B/C)。这些基因的染色体定位显示,它们随机分布在19条染色体中的17条上。片段复制在杨树NF-Y基因家族的扩增中起着至关重要的作用。共线性分析表明,在白杨、拟南芥、葡萄和番木瓜中,白杨和葡萄之间的NF-Y复制区更保守。在13个PtNF-YA基因的启动子中也发现了冗余的胁迫相关顺式元件,它们在干旱、盐、ABA和冷处理后的表达水平差异很大。





       基于对NF-Y基因家族的特性分析,文章预测该基因响应多种非生物胁迫,并进行了表达量验证(qPCR)。为了进一步研究其遗传特性,选择PtNF-YA3和PtNF-YA4进行亚细胞定位和转录活性研究。烟草亚细胞定位实验表明,PtNF-YA3定位于细胞核和细胞膜,而PtNF-YA4仅定位于细胞核。根据转录活性实验,两者在酵母中均不具有转录活性。PtNF-Y分析结果为进一步研究杨树NF-Y基因的功能提供了有价值的资源。






       文章内容上基本都可以图片展现,我们不难看出,日新月异,基因家族却几乎没啥大的变化,唯一的变化大概是,只做分析不做实验,就没有发文章这一说了~而最常见的,就是荧光定量、转录组等的实验数据来对纯生信分析的数据进行进一步的验证。类似案例一,二区三四分文章不是问题!那除了常见转录定量,再加些分子实验如亚细胞定位、转基因等,可以发五分啦!


       所以!不管怎么变,基因家族的研究价值不变,竞争未减!


       集思慧远是国内最早开展基因家族整理研究的生物公司之一,在基因家族生信分析上有着丰富的项目经验,专业为您解决无材料、无数据、时间紧、任务重的窘境。切实帮您实现借别人的数据,发自己的文章!想做的老师们抓紧联系我们哟!




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