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发布日期:2021-08-09 浏览次数:258

集思慧远线上讲座开讲啦!



       本课程主要通过文章解读和案例剖析的方式,为大家介绍基因家族研究思路和发文分析技巧。更多详细的课程安排每周会在QQ群提前预告,大家可加入集思慧远QQ群了解观看直播课程。



基因家族


       基因家族分析,最常见的生信分析套路之一,它不仅是低成本发表SCI文章的一种方法,更是一个系统研究分子生物学的重要思路。理清某一个物种的某个基因家族基因的具体情况(包括基因成员、序列结构和分子功能),有助于进一步挖掘研究该物种的某种生物学特性(生长发育、转录调控、环境适应等),为后续的生物遗传育种研究打下基础。


       基因家族分析是具体研究一个目标基因前必要的背景调研,是十分重要的基础性工作。

       1.理清基因家族成员,各基因的结构与功能,为后续的功能验证研究打下基础。

       2.相同的基因家族有相似的功能,确定与目标形状有关的基因所属的家族,快速预测其功能。

       3.发表SCI论文


       一篇发表在《BMC genomics》的基因家族文章,可大致分析如果想投一篇基因家族分析四分左右的文章,你至少需要哪些“结果”。



       LBD(lateral organ boundaries domain)基因家族因包含保守的LOB(lateral organ boundaries)结构域区段而得名,是一种植物特异性转录因子。该家族基因最早起源于早期陆生藻类植物,在进化过程中产生分化,从而具有多种生物学功能。早期关于LBD基因家族的生物学功能验证多集中于植物的侧生器官,近年研究发现,该家族基因还与植物再生、次生生长、环境胁迫信号响应等植物细胞生长调节过程密切相关。


       作者在中国白梨基因组中共鉴定出60个PbrLBDs。根据基因结构和系统发育分析,将PbrLBD基因家族分为class I(53)and class II(7)。顺式作用元件分析表明PbrLBDs可能参与类黄酮的生物合成和胁迫反应等多个生物学过程。共线性分析结果表明,全基因组复制/片段复制是LBD基因家族进化的主要方式,LBD基因家族经历了最近一次全基因组复制事件。纯化选择是LBD基因家族进化的主要动力。基于‘砀山酥梨’6个组织的转录组数据,发现10个LBD基因在6个组织中均有表达,73.33% LBD基因的基因在萼片中表达。qRT-PCR实验验证11个PbrLBDs的表达水平,其中PbrLBD20、PbrLBD35和PbrLBD53基因在花青素浓度较高时表达下调,而PbrLBD33基因在花青素浓度较高时表达上调。进一步的功能分析表明PbrLBD20位于细胞核内。



       本研究为理解PbrLBD基因家族的进化提供了有价值的信息,为梨色素代谢的调控提供了新的思路,为进一步揭示LBD基因调控黄酮代谢的分子机制奠定了基础。


       作者做的工作还是比较全面的,给大家整理了一下,主要包括9部分内容:

1)PbrLBD基因家族的全基因组水平的鉴定

2)PbrLBD蛋白的等电点和分子质量的预测,基因的染色体定位

3)进化树,基因结构,保守motif分析

4)PbrLBD基因启动子的顺势作用元件分析

5)PbrLBD基因加倍和共线性分析

6)PbrLBD基因家族的进化历史和选择压力分析

7)转录组和qRT-PCR 揭示PbrLBD基因家族在梨6个不同组织的表达模式

8)转录组挖掘与花青素积累相关的LBD基因

9)候选基因亚细胞定位分析


集思慧远技术优势


       集思慧远是国内最早开展基因家族整理研究的生物公司之一,在基因家族生信分析上有着丰富的项目经验,“借鸡下蛋”实现短平快发文章的迫切期望,同时还可以做相关分子验证实验如反转录、荧光定量PCR,实现文章的提档升级!想做的想学的老师同学们要抓紧机会啦!


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