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基金申请、SCI找不到方向??2021试试蛋白组

发布日期:2021-01-08 浏览次数:351

       近年来,高通量技术平台的开发大大推动了蛋白质组学研究工作。这些适用于蛋白质分析和标志物开发的平台让研究人员能够在单次分析中检测数千种蛋白质。如果蛋白质组学价格便宜的话,那应该是新时代的宠儿了。


热点研究

(1).基因组的诠释

(2).蛋白质表达与信号通路的研究

(3).蛋白质翻译后修饰与基因调控

(4).蛋白质结构、功能、定位及病理机制研究

(5).蛋白质-蛋白质相互作用与药物设计

(6).候选生物标志物发现与新药研发

(7).临床早期诊断和治疗及愈后评价

(8).疾病蛋白质组学与生物芯片下矩形


蛋白组学可以在我们整个研究内容中的任何一个部分起到关键性作用。其三大主要作用是:


1.  疾病生物标记物(Biomarker)筛选

2. 关键致病基因(Driver Gene)发现

3. 机制 / 信号通路研究


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案例一  通过基于蛋白质组学的疾病进展评估发现动脉粥样硬化性主动脉瘤的新型生物标志物

期刊:scientific reports

IF:3.998


       由于主动脉瘤(AAs)大多数无症状,但是破裂时死亡率很高,因此其检测和进展评估是临床上的重要问题。为了发现AA的诊断生物标记物,作者对来自胸动脉粥样硬化AA(TAAA)患者的主动脉基质进行了蛋白质组分析,比较了动脉瘤和正常组织区域之间的蛋白质水平。对蛋白组数据进行层次聚类分析后,无论形态特征如何,组织样本均分为三类。该分类反映了通过病理检查确定的疾病进展阶段。这种基于蛋白质组学的分期系统使我们能够识别比形态分类系统更显着改变的蛋白质。在随后的数据分析中,选择Niemann-Pick disease type C2 protein (NPC2) 和insulin-like growth factor-binding protein 7 (IGFBP7)作为AA的新型生物标志物候选物,并与先前报道的生物标志物thrombospondin 1 (THBS1)进行比较。在TAAA和腹部动脉粥样硬化AA患者中,NPC2和IGFBP7的血药浓度显着升高,而THBS1水平降低。AA患者和健康对照的受试者工作特征分析表明,NPC2和IGFBP7比THBS1具有更高的特异性和敏感性。因此,NPC2和IGFBP7是检测和评估AA进展中有希望的biomarker。

       【患者分组为胸动脉粥样硬化性主动脉瘤TAAA(thoracic atherosclerotic aortic aneurysm)和腹动脉粥样硬化性主动脉瘤AAAA(abdominal atherosclerotic aortic aneurysm);以及非血管疾病对照NVDC(non-vascular disease control)和健康对照HC(healthy control)志愿者。组织样本来自TAAA和NVDC,血液样本来自TAAA、AAAA和HC。先从组织中得到biomarker信息,再在血液中进行验证】



案例二  通过蛋白组筛选多个响应青枯菌效应蛋白的马铃薯基因

期刊:Mol Plant Microbe Interact

IF:3.696


       马铃薯感染青枯菌Ralstonia solanacearum(R.solanacearum)UW551会通过根部定植而引起细菌性枯萎病。 III型分泌系统(T3SS)是青枯菌致病性的决定因素。为了充分了解青枯菌III型效应器(T3Es)对马铃薯的干扰,作者使用蛋白质组学方法检测了青枯菌UW551和T3SS突变体(UW551△HrcV)接种后马铃薯根部蛋白质丰度的差异,最终确定了21种差异表达蛋白(DAPs)。与接种UW551△HrcV样品相比,用UW551接种后的马铃薯根中的10种蛋白质的丰度显著降低,表明这些蛋白质在入侵过程中被T3Es显著下调。为了确定它们在免疫中的功能,在烟草中进行目的基因沉默,并测试了沉默植物对病原体的抗性。结果表明,miraculin、HBP2、TOM20有助于对青枯菌的免疫。相比之下,PP1易感性。值得注意的是,四种下调蛋白(HBP2,PP1,HSP22,TOM20)均未在转录水平下调,表明它们是在转录后水平上显着下调的,与青枯病抗性相关。作者进一步将这四种蛋白质与33个核心T3Es共表达。令我们惊讶的是,多种效应器能够显著降低研究的蛋白质丰度。总之,研究数据表明青枯菌的T3Es可能以多种方式破坏马铃薯根部免疫相关蛋白。



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核心亮点:高分文章并没有依靠大规模的样本数量,反而以低成本、小样本量,凭借巧妙的思路和精细独到的分析方法取胜。