【客户发表文章】瓦氏黄颡鱼高密度遗传图谱的构建及经济性状位点的研究
发布日期:2020-10-29 浏览次数:412
瓦氏黄颡鱼高密度遗传图谱的构建及经济性状位点的研究
期刊:BMC Genomics
IF:二区3.675
研究背景
高密度遗传连锁图对于QTL精细定位、比较基因组分析、候选基因鉴定和水产养殖物种的标记辅助选择至关重要。瓦氏黄颡鱼是亚洲非常受欢迎的商业物种,而一些特定性状阻碍了传统的基于表型的选择性育种的实现,如缺乏大规模的基因组资源,缺乏与生长、性别决定和耐缺氧相关性状紧密相关的标记。因此本文利用高密度遗传图谱对其经济性状相关位点进行研究。
材料方法
♂:P. vachelli,♀:养殖群体(常州陈强渔场)
随机选取400个全同胞家系后代测量表性性状数据指标。
在400个个体中随机选取200个(F1),和F0用来构建遗传图谱及QTL分析;剩余200用于KASP测验。
测序平台:Illumina HiSeqXten
测序数据: 361.68 Gb
结果展示
本文在瓦氏黄颡鱼中利用5059个ddRAD标记构建了一个长度为4047.01 cM、平均标记间隔为0.11 cM的高分辨率遗传连锁图。比较基因组作图显示,在瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼之间观察到高比例(83.2%)的标记物具有一对一的对应关系。通过KASP分析发现,8个重要的全基因组QTLs(4个体重、1个身体比例、2个性别相关和1个耐缺氧)中的若干SNP与其他个体的这些表型性状相关。此外,两个体重候选基因Sipa1和HSD11B2在快速、中等和缓慢生长的瓦氏黄颡鱼之间有差异表达。与缺氧耐受性相关的Sema7a在缺氧暴露和复氧后被诱导。研究人员基于黄颡鱼基因组绘制了一组重要的QTLs,以及生长、性别决定和耐缺氧相关性状的候选基因。研究结果为水产养殖业更有效地生产全雄性、快速生长和耐缺氧的瓦氏黄颡鱼提供了重要参考。
文献获取网址:https://doi.org/10.1186/s12864-020-07115-7
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