【客户发表文章】瓦氏黄颡鱼高密度遗传图谱的构建及经济性状位点的研究

瓦氏黄颡鱼高密度遗传图谱的构建及经济性状位点的研究

期刊：BMC Genomics  

IF：二区3.675

       研究背景

       高密度遗传连锁图对于QTL精细定位、比较基因组分析、候选基因鉴定和水产养殖物种的标记辅助选择至关重要。瓦氏黄颡鱼是亚洲非常受欢迎的商业物种，而一些特定性状阻碍了传统的基于表型的选择性育种的实现，如缺乏大规模的基因组资源，缺乏与生长、性别决定和耐缺氧相关性状紧密相关的标记。因此本文利用高密度遗传图谱对其经济性状相关位点进行研究。

       材料方法

       ♂：P. vachelli，♀：养殖群体（常州陈强渔场）

       随机选取400个全同胞家系后代测量表性性状数据指标。

       在400个个体中随机选取200个（F1），和F0用来构建遗传图谱及QTL分析；剩余200用于KASP测验。

       测序平台：Illumina HiSeqXten

       测序数据： 361.68 Gb

       结果展示

       本文在瓦氏黄颡鱼中利用5059个ddRAD标记构建了一个长度为4047.01 cM、平均标记间隔为0.11 cM的高分辨率遗传连锁图。比较基因组作图显示，在瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼之间观察到高比例(83.2%)的标记物具有一对一的对应关系。通过KASP分析发现，8个重要的全基因组QTLs（4个体重、1个身体比例、2个性别相关和1个耐缺氧）中的若干SNP与其他个体的这些表型性状相关。此外，两个体重候选基因Sipa1和HSD11B2在快速、中等和缓慢生长的瓦氏黄颡鱼之间有差异表达。与缺氧耐受性相关的Sema7a在缺氧暴露和复氧后被诱导。研究人员基于黄颡鱼基因组绘制了一组重要的QTLs，以及生长、性别决定和耐缺氧相关性状的候选基因。研究结果为水产养殖业更有效地生产全雄性、快速生长和耐缺氧的瓦氏黄颡鱼提供了重要参考。

       文献获取网址：https://doi.org/10.1186/s12864-020-07115-7

       遗传图谱是一种经典的定位方法，虽然目前基因定位方法越来越多元化，但遗传图谱的作用依然不可替代，特别是在精细定位的研究中。遗传图谱的质量直接决定了后续性状定位的精细度和准确度，而决定遗传图谱质量最关键的因素莫过于基因分型；简化基因组技术对于开发标记、基因分型来讲具有经济高效、数据可重复性好，分析便捷等多种优点。这二者结合是高通量时代遗传定位最有力手段之一。集思慧远在简化基因组和遗传图谱的构建等技术方面有着丰富的项目经验，是国内为数不多的几家对简化基因组技术，特别是ddRAD技术有着独到的专长，同时对下游分析有积累的公司之一，是您进行性状遗传分析的可靠选择！