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细菌基因组de novo测序

发布日期:2019-03-11 浏览次数:1411

  • 产品简介
  • 内容分析
  • 案例分析
  • 常见问题

  随着细菌基因组研究的迅速发展,细菌基因组de novo测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了细菌基因组de novo测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。


  细菌基因组de novo测序和分析可以分为如下3个产品:

  细菌框架图:采用小片段建库,MiSeq深度测序和初步的基因组组装策略,性价比高,满足细菌基因组研究基本需求。

  细菌精细图:采用大片段加小片段建库,HiSeq加MiSeq深度测序和反复优化的基因组组装策略,是目前研究细菌基因组的主流产品。

  细菌完成图:综合利用一代二代甚至三代测序技术,根据菌株具体情况制定策略,最终得到一条完整的基因组序列(1个contig,0 gaps),是细菌基因组测序组装的要求。


  应用领域

  环境微生物研究;

  海洋微生物研究;

  土壤微生物研究;

  工业微生物研究;

  生物体微生物研究;


  产品优势

  采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台;

  1个contig,0 gaps,获得细菌基因组;

  丰富的项目经验:土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。


  技术路线

  细菌基因组de novo测序

  基因组分析:

  非编码RNA预测;

  重复序列预测;

  编码区预测;

  基因岛预测;

  CRISPR;

  前噬菌体预测。


  基因功能注释:

  通用数据库:Swiss-prot,KEGG,COG,NR,GO;

  专用数据库:ARDB,PHI,VFDB,CAZy,分泌蛋白预测。


  比较基因组学分析:

  共线性分析;

  基因家族分类;

  特有及共有基因减测;

  快速进化基因减测;

  物种间进化关系分析。


  样品要求

  1.样品类型:基因组DNA;

  2.样品需求量:小片段文库≥2 ug,2-3kb文库≥20 ug,5-6kb文库≥20 ug,10kb文库≥30 ug,20和40kb文库≥60 ug;

  3.样品浓度:小片段文库≥30 ng/μl,大片段文库≥50 ng/μl;

  4.样品纯度:OD260/280为1.8-2.0;

  5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。(距送样日最近的电泳结果)

  弥散型麻风分支杆菌的进化与起源

  弥散型麻风分歧杆菌是一种和人类弥散性瘤型麻风相关的病菌。本研究利用高深度测序,从墨西哥患病者皮肤上获得弥散型麻风分歧杆菌近乎完整的基因组序列。和麻风分支杆菌相比,经历了大范围的进化,基因组间的共线性序列达到3.27Mb。编码蛋白的基因核苷酸序列一致性达93%,而假基因组只有82%。50%的假基因化事件都发生在最近的共同祖先分化之前,弥散型麻风分支杆菌和麻风分支杆菌至今已经积累了新的假基因或特异性的缺失。功能分析结果表明弥散型麻风分支杆菌丢失了几种需要氨基酸合成的酶,而麻风分支杆菌有一个有缺陷的血红素合成途径。弥散型麻风分支杆菌保留了所有侵染周围神经细胞的功能,因此也能够致病。系统发育比较结果表明,弥散型麻风分支杆菌更接近它们共同的祖先,贝叶斯分析表明两者分离在大约13.9百万年前。因此,尽管两种菌早已分离成不同菌株,但两种菌都非常保守且仍有类似的病理条件。


两种菌的基因组共线性关系

两种菌的系统发育分析

  参考文献

  Insight into the evolution and origin of leprosy bacilli from the genome sequence of Mycobacterium lepromatosis(Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015, IF=9.423)