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文献解读

动物线粒体基因组分析发6分的文章思路要不要了解一下?

发布日期:2020-08-10 浏览次数:448



      动物线粒体基因组遵循母系遗传的遗传方式,如此一个个体就能代表一个母系集团,只需少量材料就能反映群体的遗传结构,以便于进行群体分析。线粒体基因组进化速度快,是单拷贝核DNA的5~10倍,群体内变异大,是进行群体遗传进化研究的良好材料。通过基因组注释进行基因序列组成分析来研究物种的功能特征,通过比较基因组学研究物种间基因组结构变化探讨物种的环境适应性特征,通过群体基因组研究的内容就更加宽广:物种起源、亲缘分类、系统发育、谱系地理等。






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                                   期刊:genomics

                                   IF=6.20501



摘要



       裂腹鱼(Schizothoracinae)是青藏高原特有的鲤科鱼类,生活在极为恶劣的环境中,具有低溶解氧、高紫外线强度和慢性寒冷的特点。前人根据形态特征将裂腹鱼分为原始类群、特化类群和高度特化类群(HSG)。裸鲤  (Gymnocypris eckloni)是HSG的代表种,主要分布在黄河上游和柴达木盆地格尔木河。作为一种有价值的生态和经济物种,其种群的保护和恢复受到了广泛的关注。本文通过对裸鲤完整的线粒体基因组和其系统发育来研究种群间的遗传差异。



材料与方法



      材料:青海省柴达木盆地格尔木河(95.254E,35.805 N)采集裸鲤不同谱系(“Qaidam A”和“Qaidam B”)鱼类样品

      测序平台:Illumina HiSeq X10平台





结果


1、线粒体基因组图谱绘制

      组装得到全长16784 bp完整的A1裸鲤线粒体基因组序列,由13个PCGs、22个tRNAs、2个rRNAs和1个非编码区组成,基因组碱基含量为A(28.29%),T(27.06%),G(18.55%),C(26.09%)。其他三个样品(A2,B1,B2)的结构和排列与A1相似。



正向编码的基因位于圈外侧,反向编码的基因位于圈内侧。内部的灰色圈代表GC含量2.基因组基因注释分析



2.基因组基因注释分析


基因信息统计表




3、编码蛋白基因密码子偏好性分析

      蛋白编码基因区有2734个密码子。这些高百分比的氨基酸(Ala, Leu, Ile)由RSCU值为正的密码子(GCC, CUA&CUU, AUU)编码,这可能解释了PCGs的负基偏移(AT,GC)。












4.系统发育树分析





      在系统发育树的基础上,恢复了柴达木盆地裸鲤的非单一种群,代表有两个不同的谱系,即“Qaidam A”和“Qaidam B”。柴达木A种群与分布在黄河流域的骨唇黄河鱼和黄河裸裂尻鱼集群,柴达木B与来自黄河的裸鲤种群聚集。



      综上所述,本研究首次报道在模式地区捕获的裸子鲤线粒体基因组,为进一步了解裂腹鱼的系统发育、适应和进化提供了有用信息。通过对隐藏系统发育多样性裸鲤和柴达木A未知种系统发育多样性的恢复,提出重新明确西藏高原鱼类分类和改进生物多样性保护策略的建议。



      【文章总结】:本篇文章取样材料具有代表性、信息分析比较常规(无特别的高级分析内容)、利用系统发育树的对种群进行分类,阐述生物生态保护的意义。



      mtDNA已成为利用现代分子技术,研究种群遗传学、进化遗传学、动物分类学、比较学的理想模型。对于动物方面的进化研究,老师们可以考虑从线粒体基因组入手。集思慧远在细胞器基因组研究领域有着独特的优势,自主研发了一系列动植物线粒体、植物叶绿体的研究方法和软件,先后开展了“千种植物叶绿体基因组计划”、“万种植物线粒体基因组计划”,目前累计完成项目上千个、见刊文章百余篇。如果您也想快速的发表一篇6分的线粒体文章,对线粒体分析感兴趣、欢迎来电咨询:025-85381280。








文案:Brintey

编辑:шоу




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