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知识"集"|代谢组学常用数据库之HMDB

发布日期:2019-12-17 浏览次数:471

       上期,小编已经给大家介绍了代谢组学常用数据库之-KEGG,本期将着重介绍一下HMDB(Human Metabolome Database,人类代谢组学数据库)。

       人类代谢组数据库(www.hmdb.ca)是一个基于Web的代谢组学数据库,其中包含有关人类代谢物及其生物学作用,生理浓度,疾病关联,化学反应,代谢途径和参考光谱的全面信息。


       2007年,HMDB被认为是人体代谢研究的标准代谢资源。在过去的十年中,HMDB继续增长和发展,以响应代谢组学研究人员的新需求和网络标准的持续变化。2018年的更新,HMDB 4.0-是对数据库历史上最重要的升级。例如:完全注释的代谢物数量增加了近3,实验光谱的数量增长了近4倍,插图中的代谢途径数量增长了近60倍。HMDB的化学分类,化学本体论,光谱查看和光谱/文本搜索工具也得到了重大改进。HMDB 4.0还添加了许多全新数据,这包括大量预测的MS/MS和GC-MS参考光谱数据,以及预测的(生理上可行的)代谢物结构,以促进新的代谢物鉴定。相较于以前版本,4.0版新增了6777个代谢物—SNP互作关系,2497个代谢物—药物互作关系和18192个代谢反应。HMDB网站的内容、界面和性能已经取得了许多其他重要改进,这些应用将极大地增强其易用性和潜在的应用在营养生物化学临床化学临床遗传学医学代谢组学科学中。


       人类代谢数据库(HMDB)是一个全面的、免费的网络资源,包含了有关人体代谢物的详细信息。人体代谢物是指在人体内发现的小分子,包括肽、脂类、氨基酸、核酸、碳水化合物、有机酸、生物胺、维生素、矿物质、食品添加剂、药物、化妆品、污染物,以及人类摄入、代谢、分解或接触的任何其他化学物质。代谢组学的发展(即代谢体的研究)的关键是代谢组学数据库的开发。就像基因组学和蛋白质组学依赖于GenBank和UniProt中的参考序列来注释基因和蛋白质一样,代谢组学也至关重要地依赖于参考化合物数据和参考光谱数据来注释代谢物。尽管存在许多“代谢”数据库,例如KEGG,Reactome和Cyc数据库,但真正的“代谢组学”数据库却相对较少。一些较著名的代谢组学数据库包括Metlin,MetaboLights,Metabolomics Workbench,Lipid Maps和HMDB。


       通常代谢组学检测结果中同学们会拿到代谢物质定性列表,从这个定性列表中,至少咱们肯定能够获得的信息便是代谢物名称,若要了解这些代谢物的更多详细信息(分子式、精确分子量、CAS号、物质分类等),咱们可以利用代谢物名称(如:Rutin芦丁)在HMDB数据库进行检索,得到结果如下(http://www.hmdb.ca/metabolites/HMDB0003249):



◆◆1、定性信息◆◆



◆◆2、物质分类◆◆



◆◆3、标准谱图信息◆◆





◆◆4、其他数据库链接◆◆



       当然,除了这些我们常用的一些检索之外,HMDB数据库的资源还有待于更深入的挖掘,同学们要是感兴趣可以尝试体验一下。跟着小编一起学知识掌技能。