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文献解读

集思慧远客户发表《梅,李子和杏完整叶绿体基因组的比较分析》

发布日期:2019-09-26 浏览次数:528

Comparative analysis of the complete chloroplast genome among Prunus mume, P. armeniaca, and P. salicina

杂志:Horticulture Research

影响因子:IF=3.64


材料与方法


材料:梅、李、杏鲜叶,采摘后液氮冷冻-80保存。

文库:DNA随机打断构建300片段大小的全基因组文库

测序平台:Illumina HiSeq X Ten


文章概述


梅、李、杏是温带地区有重要经济价值的果树,主要是杂交导致了3个种间具有共有的性状和变异特征,这使得这3个物种在分类学上带有困惑。而叶绿体属细胞质遗传,常用来进行演化研究,本文采用illumina测序从头组装了3个物种完整的叶绿体基因组序列。三者进行比较基因组分析发现trnY-ATA为杏特有基因,trnL-TAT为梅、李特有基因。同时rps16-atpA,atpH-atpI,trnc-GCA-psbD,ycf3-atpB,rpL32-ndhD几个区域在种间是显著不同的,可以作为分子标记对样品进行分类。系统发育分析得出梅和杏相较于李有着更近的亲缘关系。


信息分析


一部:绘制梅、李、杏叶绿体基因组完整图谱


经典的四分体结构特征,较为近似的基因组大小,说明了叶绿体基因组的保守性。



两部 :梅、李、杏叶绿体基因组基因元件分类注释


叶绿体基因系统可分为4个大类,通过基因分类注释比较3个物种之间的元件差异,发现trnY-ATA和trnL-TAT是具有种间特异性的。



三部 :5个李属叶绿体基因组组装结果比较


引入已公布的樱桃和桃叶绿体基因组进行更广泛的李属间叶绿体的特征比较。



四部 :5个李属叶绿体基因组IR边界分析


叶绿体IR区的扩张收缩是导致叶绿体基因组大小变化的主要原因,通过分析IR边界的变化发现3个物种的SSC-IRb有明显的序列长度差异。



五部 :5个李属叶绿体重复序列分析


重复序列是一种非常有价值的分子标记,通过分析5个李属物种的叶绿体基因组发掘了大量的重复序列,对于分子标记研究和植物育种来讲有重要意义。



长重复序列长度分布

简单重复序列分析


六部 :26个蔷薇科叶绿体基因组比较分析


使用26个蔷薇科植物的叶绿体基因组进行基因组相似度比较分析,将显著差异的区域根据内容不同分为3个类别,为蔷薇科物种研究提供参考。



七部 :叶绿体基因组系统发育树构建


使用26个蔷薇科植物,另外选择葡萄作为外群构建系统发育树,系统划分了蔷薇科植物的系统发育关系和分类地位。



总结


叶绿体文章经小编这么一研究也是套路满满呐,同时分析内容又十分丰富,从而使得提笔落脚写文章不费吹灰之力。总结本篇文章依然是用叶绿体基因组来进行同科同属物种的亲缘关系系统分类的主题开展,分析内容涵盖了叶绿体基因组分析的大部分内容,基本上是该做的都做了,写起文章来也是脉络清晰、层层递进、由易到难,用系统发育树收尾。再反观所有常见叶绿体基因组的文章,分析内容归结起来也无外乎就是:图谱绘制、基因注释、重复序列、高变区、选择压、相似性、共线性、谱系分析等。行话讲“一片叶子成就一篇文章”,就是这么简单。如果您也对叶绿体文章感兴趣,欢迎来电咨询:025-85381280,具有丰富经验的技术专家为您释疑解惑,我们期待和您的合作!