集思慧远客户发表《33个罂粟不同组织、发育阶段和品种的转录组分析》

Scientific data   2019-05-20

IF=5.305

Transcriptomic profles of 33 opium poppy samples in diferent tissues, growth phases, and cultivars

合作单位：中国药科大学中药学院

摘要

罂粟是世界上最重要的药用植物之一，仍然是吗啡类止痛药的唯一商业来源。然而，对罂粟中苯异喹啉生物碱（BIA）生物合成的调控机制知之甚少。在此，我们首次构建了罂粟全长度转录组数据集，并与33个不同组织、生长阶段和栽培品种的RNA-seq数据结合。Longread测序产生了902，140条raw data，有55，114份高质量的转录本，short-read测序产生1，923，679，864个cleandata，平均Q30率为93%。随后使用short-reads定量高质量的转录本，并且在不同的样品中每个单基因的表达用FPKM衡量。这些数据为罂粟转录分析提供了基础，这可能有助于捕捉剪接变异体和一些参与BLA生物合成调控的非编码RNA。它还可用于基因组组装和注释，这将有利于新的转录本识别。

材料与方法：

植物材料：罂粟野生品种（B1）、经定向育种获得的其他种质资源分别命名为B2、T、G和Z。采集：5个品种灌浆期的叶片；野生品种幼苗、拔节、抽薹、花期叶片及灌浆期根、茎，每个样品3个重复。

方法：RNA-seq测序平台： Illumina HiSeq X Ten

三代平台：PacBio；材料为B1的21个样品的RNA混合测序

BIAs含量测定：灌浆期叶片，HPLC

文章主要是对三代数据进行组装校正及组装、注释。对二代数据进行了简单的差异分析。其主要是为以后研究提供了数据基础。下图为本研究实验设计路线：