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文献解读

集思慧远客户发表《33个罂粟不同组织、发育阶段和品种的转录组分析》

发布日期:2019-06-25 浏览次数:242


Scientific data   2019-05-20

IF=5.305

Transcriptomic profles of 33 opium poppy samples in diferent tissues, growth phases, and cultivars

合作单位:中国药科大学中药学院



摘要

罂粟是世界上最重要的药用植物之一,仍然是吗啡类止痛药的唯一商业来源。然而,对罂粟中苯异喹啉生物碱(BIA)生物合成的调控机制知之甚少。在此,我们首次构建了罂粟全长度转录组数据集,并与33个不同组织、生长阶段和栽培品种的RNA-seq数据结合。Longread测序产生了902,140条raw data,有55,114份高质量的转录本,short-read测序产生1,923,679,864个cleandata,平均Q30率为93%。随后使用short-reads定量高质量的转录本,并且在不同的样品中每个单基因的表达用FPKM衡量。这些数据为罂粟转录分析提供了基础,这可能有助于捕捉剪接变异体和一些参与BLA生物合成调控的非编码RNA。它还可用于基因组组装和注释,这将有利于新的转录本识别。



材料与方法:

植物材料:罂粟野生品种(B1)、经定向育种获得的其他种质资源分别命名为B2、T、G和Z。采集:5个品种灌浆期的叶片;野生品种幼苗、拔节、抽薹、花期叶片及灌浆期根、茎,每个样品3个重复。

方法:RNA-seq测序平台: Illumina HiSeq X Ten

三代平台:PacBio;材料为B1的21个样品的RNA混合测序

BIAs含量测定:灌浆期叶片,HPLC


文章主要是对三代数据进行组装校正及组装、注释。对二代数据进行了简单的差异分析。其主要是为以后研究提供了数据基础。下图为本研究实验设计路线: