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文献解读

集思慧远客户发表文章《小白菜de novo转录组测序揭示高温胁迫下的关键基因》-2016-Acta Physiol Plant-1.563

发布日期:2019-03-20 浏览次数:168

  Hai Xu, Longzheng Chen, Bo Song, Xiaoxue Fan, Xihan Yuan, Jinfeng Chen.  

  De novo transcriptome sequencing of pakchoi (Brassica rapa L. chinensis) reveals the key genes related to the response of heat stress.

  2016, Acta Physiol Plant, IF=1.563.  

  State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China  

  Institute of Vegetable Crops, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, China

  

  摘要:  

  小白菜是一种生长在世界各地的重要植物,喜欢凉爽的气候,其生长会被夏季高温严重影响。对小白菜高温胁迫的分子调控机制知之甚少。基因序列有限的可用性极大地影响了分子育种和功能基因组分析。在这项研究中,我们对高温胁迫下的小白菜进行了RNA-seq。最后,得到64.29M的clean reads,包括32666条unigene,N50长度为1405 bp,总长度为33.39Mb。共得到11024个SSR标记,位于8404条unigene。这些发现对分子标记辅助育种非常有用。在高温组(TH)和对照组(CK)之间共有1220个差异表达基因,其中699个上调,521个下调。GO富集分析表明,12个GO亚类和9个KEGG通路显著富集。六个差异表达基因的荧光定量PCR结果进一步验证了RNA-seq的可靠性。本文首次用转录组分析高温胁迫小白菜的综合特性。鉴定得到几个响应高温胁迫的重要基因,并讨论了它们在热应激反应中的作用。总之,我们的研究揭示了小白菜的转录组。此外,为未来的基因组和高温胁迫的遗传研究提供了重要的资源。

  

  材料与方法:

  

  材料:小白菜耐热自交系幼苗。

  取材方法:三周龄的幼苗暴露于高温(38/30℃,白天/夜晚)120h,对照组(28/20℃,白天/夜晚)。收集叶片,设三个生物学重复。  

  测序策略和分析流程:  

  测序:Illumina HiSeq 2000,PE 101bp

  分析:P值计算:DEseq program

  

  GO富集:Blast2GO

  SSR标记开发:The Microsatellite identification software

  

  研究结果:

  

  1、小白菜的RNA测序和de novo组装

  


  

  2、SSR位点的鉴定与特性分析

  

  

  3、高温胁迫和对照组小白菜的DEGs分析

  

  

  4、GO富集和通路分析揭示与高温胁迫相关的关键DEGs

  

  GO富集分析DEGs。

  

  KEGG富集分析DEGs。

  

  

  5、采用实时荧光定量PCR验证基因表达