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文献解读

集思慧远客户发表文章《鸡爪槭de novo转录组测序及综合分析盐胁迫下的差异表达基因》

发布日期:2019-03-20 浏览次数:72

  Liping Rong, Qianzhong Li, Shushun Li, Ling Tang, Jing Wen.  

  De novo transcriptome sequencing of Acer palmatum and comprehensive analysis of differentially expressed genes under salt stress in two contrasting genotypes.

  2016, Mol Genet Genomics, IF=2.622  

  Institute of Horticulture, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences/Jiangsu Key Laboratory for Horticultural Crop Genetic Improvement, Nanjing, China

  

  摘要:  

  枫叶(鸡爪槭)是全球重要的绿化景观。盐胁迫直接影响枫叶的正常生长,从而丧失审美价值。然而,有限的可用枫叶基因组信息阻碍了对其耐受性机制的研究。在这项研究中,我们用RNA-seq,综合分析枫树的耐盐性。共得到约146.4M的双端reads,有181769个unigenes。N50长度为738 bp,总长度超过102.66 Mb。鉴定得到14090个简单重复序列和超过50万个SNP位点,有利于标记开发。共检测到181769个基因,其中盐感性和耐盐性之间有303个差异表达基因(DEGs)。在这些差异表达基因中,125个上调、178个下调。最显著的前十个下调基因中有两个MYB相关的蛋白和一个LEA蛋白。最显著的前十个上调基因中检测到一个甲基转移酶相关基因。最显著富集的三个通路是植物激素信号转导、精氨酸和脯氨酸代谢、光合作用。转录组分析提供了枫叶及相关物种中耐盐相关基因丰富的遗传资源。这些数据将作为一个重要的公共信息平台,以进一步了解枫叶耐盐性的分子机制。

  

  材料与方法:

  材料:盐敏感和耐盐性的枫叶幼苗。

  取材方法:幼苗转入霍格兰营养液,在温室环境下培养15天后,用0.5%的NaCl处理10天。收集叶片,设三个生物学重复。

  测序策略和分析流程:  

  测序:Illumina HiSeq 2000  

  分析:微卫星重复序列软件:MISA

  SNP鉴定:SOAPsnp  

  比对:TopHat、Bowtie  

  RPKM值:RSEM程序  

  GO富集:Blast2GO  

  差异表达水平聚类:Cluster program  

  皮尔森相关系数:R script  

  预测基因编码区:Getorf

  

  研究结果:

  

  1、枫叶的RNA测序和de novo组装

  


  

  2、抗病育种的SSR和SNP标记的开发

  

  

  3、盐感性和耐盐性枫叶的DEGs分析

  

  DEGs的qRT-PCR验证

  

  DEGs的层析聚类分析

  

  

  4、Unigene和DEGs的GO富集

  

  TOP 10上调和下调的差异基因表达量