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文献解读

集思慧远客户发表《宝华玉兰完整质体基因组及木兰科植物的遗传比较》

发布日期:2019-03-08 浏览次数:88



  宝华玉兰是一种极度濒危物种,仅存于中国江苏省宝华山有18棵。关于它的分子生物学的信息很少,直到现在还没有对宝华玉兰进行质体基因组研究。本文通过对宝华玉兰(Magnolia Zenii)的完整叶绿体基因组进行测序组装,鉴定SSR,并通过对近缘物种基因组结构和序列数据的比较分析,揭示了5个突变热点,对今后木兰科的系统发育和进化研究具有重要意义。

这篇文章的研究内容如下:

1.叶绿体基因组组装

宝华玉兰基因组长160,048 bp,GC含量为39.2%,包括一对26,596 bp的反向重复区(IRA和IRB),一个大单拷贝区(LRC)88,098 bp,一个小单拷贝区(SSC)18,757 bp.


2.木兰科物种叶绿体基因组比较分析

用28种木兰科物种和2种鹅掌楸的叶绿体基因组进行序列比对。宝华玉兰的叶绿体基因组放在顶部作为参考基因组。


3.IR边界的收缩与扩张分析


比较30个物种的IR边界区域,基因由彩色盒子表示,基因与边界之间的间隙由碱基长度表示。


4.系统进化树分析



30个物种的双系统进化树。线上数字表示每类的后验概率,线下的数字表示步长值,右侧的垂直线表示这些物种的亚属分类位置。