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文献解读

集思慧远客户发表文章《长苞铁杉完整的叶绿体基因组》

发布日期:2019-03-18 浏览次数:65

  摘要  

  长苞铁杉是中国特有的濒临灭绝的针叶林种。本文利用高通量测序完成了一个长苞铁杉品种的叶绿体基因组的组装。组装出完整的叶绿体基因组大小为120,900bp,其中包含一段34,239bp的反向重复区域。基因组共包含127个基因(88个编码蛋白的基因、34个tRNA以及5个rRNA),这些基因组大多数都是单拷贝,然而其中29个编码蛋白基因、11个tRNA和1个rRNA是多拷贝。AT碱基含量占叶绿体基因组的60.6%,通过对20种裸子植物的叶绿体基因组构建进化树结果表明所有松科植物聚类到一个单支,而长苞铁杉和铁杉的亲缘关系最近。这项研究为未来濒临灭绝的地方性植物的基因组信息的获取提供研究方向。

  

  材料方法  

  Tsuga longibracteata W. C. Cheng单株的新鲜叶片;  

  测序平台:Illumina Hiseq4000 PE150,15.3M PE reads(平均覆盖深度185X);参考叶绿体基因组:铁杉(GenBank: LC095866);组装:NOVOPlasty;基因组注释:CpGAVAS;物理图:OGDRAW;20种叶绿体基因组alignment:MAFFT;NJ树:MEGA6.0;

  

  研究结果  

  1、叶绿体基因组组装及注释结果

  长苞铁杉叶绿体基因组(120,900bp),大单拷贝区域(LSC)49,136bp,小单拷贝区域(SSC)10,426bp,88个编码蛋白的基因、34个tRNA以及5个rRNA

  

  2、裸子植物基因组系统发育树构建

  

长苞铁杉属于松科-冷山亚科,与铁杉的亲缘关系最近

  

  文章总结

  对在中国濒临灭绝的长苞铁杉进行叶绿体基因组测序,组装出完整的叶绿体基因组并完成注释,保留了该物种的叶绿体基因组资源。通过与其他多种裸子植物的叶绿体基因组比较,构建系统发育树,结果表明长苞铁杉和铁杉的亲缘关系最近,符合生物学分类。为今后铁杉属其它物种叶绿体基因组研究提供方法和基础。

  

  参考文献

  Characterization of the complete chloroplast genome sequence of Tsuga longibracteata W. C. Cheng (Pinaceae) [J] Conservation Genetics Resources.2018.IF=0.47